A. Les molécules biologiques, traces des dynamiques cellulaires (parties A2 à A4)


retour plan du cours de 1èreS, partie précédente (A1), panorama

Le symbole , utilisé pour la biologie théorique, marque les ouvertures théoriques dans une vision Thomienne, ou du moins qui se croît thomienne.


Plan


Compléments associés (hors de cette page) ;

* Les 4 causes d'Aristote en sciences de la vie
* Comprendre les génomes

 

ces compléments cadrent avec le PROGRAMME DE 1ÈRES :

* Le gène moléculaire, unité fonctionnelle synthétique

* Les enzymes et la fonction enzymatique

* l'ADN lors des cycles cellulaires


Annexe
(extrait d'un texte de René Thom sur le mode de construction de sa blastula physiologique, traitée par ailleurs dans Esquisse d'une sémiophysique, 1988)

En travaux



A 2 - Les protéines, reflets des dynamiques

2.1 Les protéines sont sans cesse synthétisées et dégradées par chaque cellule : elles sont la trace de l'activité synthétique des cellules


le terme protéine est employé de façon abusive ici comme équivalent du terme polypeptide (voir remarque dans la page sur le gène)

La synthèse des protéines à partir des ARNm est traitée sur une page spéciale: le gène moléculaire, unité fonctionnelle synthétique

Cette partie a pour but de s'efforcer de comprendre l'importance des protéines dans une cellule par rapport aux autres molécules comme les glucides ou les lipides ou encore les acides nucléiques.

Les protéines forment environ 60% de la masse sèche de la cellule procaryote ou eucaryote (voir niveaux d'organisation du vivant).

Mais cette masse relative par rapport aux autres composés (acides nucléiques, polysaccharides, lipides et enfin petits métabolites) peut être encore plus importante sur un organisme supérieur comme un vertébré qui possède des structures comme les phanères (poils, carapace, écailles, griffes, sabots, plumes...) entièrement composés de protéines.

On distingue :
- les protéines cytoplasmiques qui sont synthétisées dans le cytoplasme au niveau de ribosomes libres (qui s'associent aux ARNm en polysomes) ; ces protéines ont des fonctions locales cytoplasmiques; leur demi-vie
(ou période; ce terme est utilisé ici de façon analogique avec la définition de la période d'un élément radioactif = temps nécessaire au renouvellement de la moitié des protéines d'un type dans une cellule ; il ne s'agit pas bien sûr de vie au sens biologique) semble variable (estimée à partir de l'incorporation d'acides aminés radioactifs elle peut varier de quelques dizaines de seconde à plusieurs jours - l'hémoglobine des hématies se conserve pendant plusieurs mois mais il s'agit alors de la durée de vie de la cellule qui est lysée au bout d'environ 120 jours).
- les protéines membranaires et extracytoplasmiques (sécrétées) qui sont synthétisées dans le cytoplasme au niveau des ribosomes accolés au RE (formant le REG). Ces protéines suivent le trajet REG->REL->Golgi->vésicules de sécrétion->membrane plasmique ou extérieur de la cellule. Elles subissent des maturations importantes et souvent un assemblage plus ou moins complexe lors de ces étapes
(la majorité sont des hétéroprotéines qui contiennent donc des groupements non protéiques: sucres, groupement métalliques...). La demi-vie des protéines extracellulaires (de la matrice par exemple) est typiquement plus longue que celles des protéines cytoplasmiques.


Les protéines sont sans cesse renouvelées globalement. C'est-à-dire que la protéine est dégradée dans sa totalité et qu'une nouvelle protéine prend sa place. Lorsque ce sont des protéines membranaires , des portions entières de membrane sont dégradées (récupérées par la cellule par endocytose) puis (ou alors qu') une nouvelle membrane avec de nouvelles protéines vient se mettre en place (par exocytose).

La dégradation des protéines se fait soit directement dans le cytoplasme par des enzymes (protéases), soit dans des sous-unités protéiques spécialisées de grande taille (protéasomes), soit encore dans des vésicules généralistes de dégradation (lyzosomes).

La taille des protéines est limitée par leur mode de synthèse au niveau des ribosomes. Les protéines les plus grosses contiennent plusieurs milliers d'aa et sont intracytoplasmiques. Pour les grosses protéines extracellulaires, de petites sous-unités sont sécrétées puis assemblées à l'extérieur de la cellule (collagène...).


un cours classique, bien dans le paradigme dominant et bien illustré (sur la synthèse et la dégradation des protéines): http://www.ulysse. u-bordeaux.fr/ atelier/ikramer/ biocell_ diffusion/gbb.cel.fa. 106.b3/content/ access.htm#D14

La synthèse des protéines peut être comprise de deux façons:
- soit, selon l'explication la plus habituelle, comme le résultat de plusieurs dynamiques successives: un mécanisme chimique de synthèse localisé dans la cellule, suivi d'un
adressage des protéines vers le compartiment cellulaire où elles vont être utilisées;
- soit, selon l'explication proposée ici, comme un phénomène résultant d'
une dynamique unique (mais parfois complexe, et présentant des bifurcations, ce qui rend parfois le résultat imprévisible au sens expérimental) qui lie synthèse-fonction locale-lieu d'utilisation.

Les protéines sont souvent impliquées dans des assemblages; soit avec des molécules comme les lipides, notamment au sein des membranes ; soit entre elles.

 

 

* Dans le premier cas l'incorporation des protéines à des surfaces peut être relié à la dynamique qui engendre les surfaces. Ce sont principalement des lieux d'affrontement entre deux dynamiques (bords).

Ces surfaces ne sont bien sûr pas des plans mais dessinent des boules, tores et autres cylindres dont la topologie a été présentée par Thom dans de nombreux ouvrages. On peut aussi voir l'article d'Yves Bouligand à ce sujet (sur l'ancienne page sur les modèles; je recommande particulièrement la figure présentant Une "microzoologie" des formes observées et supposées de micelles "membranaires" ).
<---------ci-contre

* Dans le second cas, si on ne souhaite pas se limiter, comme pour les enzymes, à un assemblage autocatalytique et spatialement contrôlé, on peut par exemple s'intéresser à l'organisation du cytoplasme en clusters.

Selon cette théorie, la plupart des protéines intracellulaires occuperaient des domaines cytoplasmiques (clusters) de 40 nm3 de volume pour un nombre de résidus compris entre 120 et 300 et un diamètre moyen de 3,5 nm (la taille des clusters est un des fondements de l'organisation de l'eau intracellulaire en microdomaines dans la théorie de Watterson (1982,1991), voir page sur la cellule, ou (en anglais) le site http://www.lsbu.ac.uk /water/ clusters.html et notamment l'article ENZYME FUNCTION: RANDOM EVENTS or COHERENT ACTION ?).


Pour ce qui est de la formulation des dynamiques, le travail de Thom, sur lequel je m'appuie, est souvent grevé par une conception "rhéologique" erronée de la cellule (voir page sur la cellule, pour une conception plus moderne). Comme je n'ai pas les compétences mathématiques pour proposer de nouveaux modèles, je suis parfois obligé de présenter le modèle thomien comme point de départ sans avoir quelque chose de plus parlant à montrer.


2.2 Les protéines ont de nombreuses fonctions locales (ou fonctions propres)
Deux types de protéines peuvent classiquement être envisagés:

Sur le site de PDB on peut télécharger un MAGNIFIQUE poster éducatif (29,5 Mo) ftp://pdbx.org:10601/ education_discussion/ molecule_of_the_month/ poster_full.pdf qui prétend présenter les relations structure-fonctions, mais qui, en fait, illustre la relation forme - fonction locale

* certaines protéines qu'on peut qualifier de structurales semblent former des assemblages souvent de grande taille dont les fonctions résultent des propriétés de l'assemblage: elles possèdent donc une fonction émergente de la réunion (et souvent de la répétition d'un grand nombre) de sous-unités protéiques. Des protéines briques... des protéines d'assemblages cellulaires... des protéines "légos" (voir une classification des protéines ci-dessous et les images du poster référencé ci-contre <-----).

* d'autres protéines, que l'on peut qualifier de protéines outils (ou machines) dont les propriétés sont directement liées à leur forme, à la répartition de leurs charges, à leurs interactions avec le milieu ou avec une autre sous-unité, ou encore avec un ligand...

Remarque:
on ne peut pas dire que certaines protéines sont
structurales et d'autres fonctionnelles car toute molécule doit être impliquée dans une fonction selon la théorie dynamique du vivant que l'on suit ici: la vie s'exprime par les fonctions de nutrition, de relation et de reproduction qui engendrent et maintiennent des dynamiques locales. Du fait de leur renouvellement permanent, même les protéines "statiques", doivent s'insérer dans une dynamique.


Si les gènes moléculaires n'ont qu'une seule fonction connue, les protéines en ont beaucoup...ce tableau en présente un aperçu.
Remarque: Un article à lire: Les protéines, rouages des cellules, H. Berman, D. Goodsell et P. Bourne, Pour la Science, Dossier n°46, janvier mars 2005, p 28-33).


% des différentes fonctions propres* des protéines trouvées à ce jour - 2001
(in Analyse génétique moderne, De Boeck, 2001)
fonctions
chez l'homme
chez une plante Arabidopsis thaliana
fonctions

réplication, transcription, traduction

22
15

transcription

régulation des gènes à partir de signaux extra et intracellulaires

12
3

traduction

5

tri et stockage des protéines

8

transduction des signaux extra-cellulaires

division cellulaire

12
6

croissance et division cellulaire

métabolisme

17
22

métabolisme

2

transport

2

trafic intracellulaire

10

métabolisme secondaire

6

production d'énergie et de matière organique (dans les mitochondries et les chloroplastes)

défense

12
13

maladies et défense

structure

17
8

structure cellulaire

inconnue

8

* les fonctions propres ou locales désignent des fonctions qui peuvent être explorées expérimentalement et qui reposent sur interactions moléculaires (qui en sont la cause matérielle au sens d'Aristote - voir annexe); elles s'opposent aux fonctions participatives ou globales (non locales) rendant compte de la participation des protéines au travail cellulaire (désigné par les trois fonctions globales du vivant: nutrition, relation et reproduction - ce qui se rapporte à une cause efficiente au sens d'Aristote) (voir cours de seconde).

La compréhension des fonctions locales passe par les relations entre la structure protéique (notamment au niveau des domaines ou motifs qui composent les protéines) et la fonction locale de chaque protéine.


La classification actuelle des protéines se base essentiellement sur des domaines.


Quelques exemples de structures de domaines de certaines protéines
(avec rendu ruban : hélices alpha en bleu et feuillets bêta en rose);
les codes pour la flavodoxine et la bêta -lactamase correspondent aux fichiers pdb.

Cinq niveaux sont considérés dans la CATH Protein Structure Classification

  • Class (alpha, beta, alpha-beta);
  • Architecture (forme de la structure secondaire : tonneau, hélice, selle...);
  • Topologie (famille de plis: en tenant compte des liaisons entre les éléments de la structure secondaire);
  • Superfamille Homologue (selon une origine possible commune par comparaison de séquence);
  • Famille de Séquences (regroupement de familles de molécules ayant des domaines semblables et/ou des fonctions semblables).

 

 

 

(http://www.cathdb.info/)


Plusieurs méthodes spectroscopiques ont permis de modéliser les mouvements des groupements au sein des protéines pour essayer de comprendre leur fonction locale.

Imaginer la protéine comme un solide dont certaines parties sont mobiles est une façon mécaniciste de comprendre la fonction locale des protéines. Mais elle n'est pas inutile. Il est juste prudent de se garder de penser que cela se passe ainsi dans le cytoplasme.

Les sites en anglais sont formidablement documentés .
Par exemple :
Database of Macromolecular Movements with Associated Tools for Flexibility and Geometric Analysis; par exemple la myoglobine...

 

En travaux


En ce début de XXIème siècle, la séquence des protéines n'est plus considérée comme une donnée stable, caractéristique d'une protéine unique; chaque protéine est constituée de domaines fonctionnels, et les domaines sont communs à de nombreuses protéines que l'on regroupe par familles. D'autre part, la forme de la protéine dépend au moins autant de son environnement que des domaines qui la composent.

La question sous-jacente est de retrouver un déterminisme expérimental auquel se raccrocher. Si la forme de la protéine n'est pas vraiment codée par sa séquence comment peut-elle être déterminée pour constituer une protéine particulière synthétisée à tel moment par telle cellule ?
L'information génétique s'arrête à la séquence. Au cours du siècle dernier les biologistes ont progressivement compris que la forme n'est que peu déterminée par la séquence (mais qu'elle repose plutôt sur le type de domaine). Ce qui détermine la forme de la molécule et sa fonction n'est donc pas dans l'information génétique. D'innombrables séquences différentes donnent les mêmes motifs. Les mêmes motifs peuvent avoir des fonctions différentes.

La meilleure analogie reste l'outil. Le matériau est composé de chaînes d'aa. Selon la séquence on peut avoir des éléments denses, souples, flexibles, empilables....Certains se suffisent à eux mêmes et ne donnent pas d'assemblages macromoléculaires (notamment certains enzymes, hormones, anticorps...). D'autres forment des structures ou participent à des structures complexes : cytosquelette, fuseau de division, myofilaments, fibres de liaison, fibres et plans (kératine...)...

L'idée de fond de cette page consiste à dire que c'est la cellule elle-même qui induit, par ses dynamiques, la synthèse et l'utilisation de telle ou telle protéine. Un changement de dynamique, pouvant provenir de l'extérieur, conduit la cellule à réorienter ses synthèses.


Comment faire le lien entre les fonctions globales (de la vie) et les fonctions locales des protéines ?

Cette question est loin d'être résolue. Et pourtant des éclaircies théoriques ont été faites et méritent d'être diffusées largement.

Si vous ne l'avez pas lue je renvoie d'abord à la citation de René Thom dans la page précédente.

L'idée de base serait que la forme métabolique de la cellule (définie dans un espace de grande dimension) générerait la forme métabolique des molécules (c'est-à-dire non seulement leur forme spatiale mais aussi les conditions de leur synthèse et de leur dégradation).

Avec les mots de Thom: «Le point important est de préciser les contraintes qui relient ce comportement biochimique global à la morphologie spatio-temporelle...».

René Thom avait déjà noté combien il était surprenant que les caractéristiques des molécules que le biochimiste voudrait voir agissantes dans la cellule sont justement les caractéristiques globales de la cellule ou du tissu que l'on cherche à expliquer ; c'est ce qu'il appelle le caractère platonicien des fonctions biologiques (L'explication des formes spatiales : réductionnisme ou platonisme ?, 1980f4.pdf).

Le chapitre suivant se propose de donner des exemples pour illustrer ces propos. Bien évidemment je ne fournis pas les réponses (je ne m'aventure pas à donner des formes métaboliques) mais je m'efforce de montrer le champ des recherches actuelles qui vont dans cette direction. Je n'oublie pas les objectifs du programme de cette partie : du génotype au phénotype.


Un dossier CNRS-Sagascience Chimie et beauté sur la peau : http://www.cnrs.fr /cw/dossiers/ doschim/decouv/ peau/index.html

2.3 Comment est réalisée la synthèse des protéines dans les cellules de la peau humaine ?


Nous prendrons l'exemple de la peau, comme tissu complexe, où nous choisirons quelques protéines qui y sont synthétisées: (1) collagènes, (2) kératines et (3) protéines associées à la synthèse et au stockage des mélanines. Le but est de montrer quelques protéines, en tant que molécules - étudiées au niveau biochimique - mais replacées dans leur contexte cytologique (de cyto=cellule) et histologique (d'histo = tissu). Il s'agit d'essayer de retrouver les dynamiques cellulaires auxquelles elles sont associées.


photo (http://www.biology.iastate.edu/Courses/201L/CellTypes/Cell%20structure.htm)

 

Introduction (in E.U. "peau")

 


* embryologie descriptive
La peau est un organe résultant de la réunion de plusieurs tissus d'origine embryonnaire différente qui ne cesseront jamais leur dialogue :

  • l'épiderme, qui provient de l'ectoderme (feuillet le plus externe de l'embryon), se met en place comme une simple assise de cellules qui se double entre la 5ème et la 7ème semaine de vie embryonnaire. La couche basale, seule, se plisse à partir de 3ème mois. L'épaississement principal à lieu à partir du 5ème mois. La différenciation n'est vraiment réalisée qu'à partir de la naissance où l'épiderme est au contact de l'air.
  • le derme et l'hypoderme, qui proviennent du mésoderme (feuillet intermédiaire). Vers le 2ème mois de la vie fœtale, certaines cellules du mésoderme, qui donneront les fibroblastes, situées sous l'épiderme, se mettent à produire une matrice extracellulaire, réticulée puis fasciculée, qui s'organise progressivement pour former la trame fibreuse de collagène du derme. Les fibres élastiques commencent à être synthétisées vers le cinquième mois et se lient aux fibres de collagène. Certaines cellules du mésoderme se différencient en cellules adipeuses au niveau de l'hypoderme. Ce dernier commence à se différencier dès le troisième mois. Certains fibroblastes du derme superficiel se regroupent sous l'épiderme et induisent au niveau de ce dernier la formation progressive des annexes : poils, ongles, glandes sébacées et sudorales.
    Seul le derme est vascularisé.
  • des cellules "nerveuses" venant des crêtes neurales migrent dans le derme et forment des récepteurs (mécaniques, thermiques, à la douleur...). D'autres donnent des terminaisons nerveuses libérant des neurotransmetteurs qui interviennent dans la croissance et la différenciation de l'épiderme mais aussi dans les réactions inflammatoires. Les mélanocytes sont aussi issus des crêtes neurales. Ils viennent se placer entre les cellules de la couche basale de l'épiderme et émettent des prolongements vers 36 kératocytes. Les cellules de Langerhans (cellules immunitaires du système réticulo-histocytaire et donc issues de la moelle des os longs- voir généralités sur les systèmes de relation) viennent se placer sous la couche cornée et interviennent dans la réponse locale rapide immunitaire.

* embryologie expérimentale
Lorsque l'on isole des cellules, soit suffisamment jeunes , soit plus anciennes, mais ayant gardé leurs capacités de division, on peut s'efforcer de comprendre, pour chaque type cellulaire, les conditions de leur croissance et de leur multiplication.
(en travaux)
12/2009 : Greffes de peau et cellules souches - un bon article de mise au point sur


source principale E.U. article "Collagène"

dossier CNRS-Sagascience : http://www.cnrs.fr /cw/dossiers/ doschim/decouv /peau/colla.html

2.2.1 Les collagènes sont des protéines fibrillaires extracellulaires d'adhésion sécrétées par les fibroblastes et d'autres cellules


Les collagènes sont des glycoprotéines.

Il existe de nombreuses variétés de collagènes mais toutes sont assemblées à partir de chaînes protéiques allongées (le procollagène) longues d'environ 1400 aa et possédant deux têtes globuleuses au niveau des extrémités C-terminale et N-terminale.

Il existe plusieurs dizaines de séquences possibles pour ces molécules mais des gènes différents associés à chaque molécule n'ont pas été identifiés (même s'ils sont suspectés). Certains acides aminés comme la Proline sont modifiés dès leur accrochage dans la chaîne de procollagène. Des sucres, sont aussi ajoutés à certains acides aminés alors que la chaîne en formation est encore dans le cytoplasme.

Les molécules de procollagène passées dans le REG s'assemblent ensuite en triple hélice alpha (par des liaisons faibles que l'on peut dissocier par chauffage modéré à 37°C... ce que l'on fait dans la gélatine qui est composée de molécules partielles de collagène récupérées à partir d'os ou de cartilages) au niveau de leur partie droite pour former des molécules allongées d'environ 300 nm x 16 nm (si l'on supprime les têtes globulaires, qui sont d'ailleurs coupées la plupart du temps juste au moment de la sécrétion), nommées tropocollagène. Ces molécules sont sécrétées par les cellules conjonctives ou fibroblastes et participent (avec l'élastine par exemple...) à la formation de la matrice extracellulaire qui maintient de nombreux tissus chez les animaux (des collagènes sont connus aussi bien chez les éponges que chez l'ensemble des vertébrés).

Dans de nombreux cas les molécules de tropocollagène s'organisent ensuite en fibrilles de plusieurs (5?) molécules alignées et légèrement décalées entre chaque file de molécules et formant ainsi des motifs répétitifs visibles en microscopie optique. Les molécules de tropocollagène y sont modifiées par des liaisons chimiques fortes. Ces fibrilles s'assembleraient pour donner des fibres de diamètre variable (quelques micromètres à quelques centaines de micromètres). Une partie non négligeable des molécules de tropocollagène sécrétées est détruite immédiatement sans que l'on en connaisse la raison.


Page pédagogique
-en anglais- sur le site pdb
(puis "Exploring the structure" en bas de page)

Pour des illustrations:
http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/static.do? p=education_discussion/ molecule_of_the_month/pdb4_1.html
voir aussi
http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/static.do? p=education_discussion/ molecule_of_the_month/pdb4_3.html

http://www.ulysse.u-bordeaux.fr/ atelier/ikramer/biocell_diffusion/ gbb.cel.fa.103.b3/content/access.htm#D9


On ne connaît pas de fichier PDB d'une molécule de procollagène naturelle.

Seuls quelques exemples de petits peptides de synthèse sont proposée sur la base SCOP http://scop.berkeley.edu/ data/scop.b.bb.f.A.A.html (choisir collagen-like peptides (fold 5) dans la section designed proteins).

Le plus proche d'une molécule de tropocollagène sans ses extrémités globuleuses est le fichier 1BKV.pdb (le fichier contient 3 chaînes de 30 aa alors que l'on pense que chaque chaîne contient atteint 1400 aa et possède une tête globuleuse).


Pour ouvrir une fenêtre avec l'applet Jmol où est chargé le fichier 1BKV.pdb cliquer sur le lien suivant : Simualisation d'une molécule voisine d'un "tropocollagène"


Les cellules capables de synthétiser des collagènes sont non seulement les fibroblastes du tissu conjonctif mais aussi les cellules cartilagineuses, les cellules osseuses, les cellules musculaires...

Il existe de très nombreuses pathologies de la synthèse des collagènes, aussi bien chez l'embryon que chez le jeune ou encore l'adulte et le senior (la synthèse de collagène ne diminue pas avec l'âge (et augmente même souvent ce qui conduit à des fibroses) mais le type de collagène synthétisé change souvent et conduit à des pathologies comme celles de ligaments insuffisamment élastiques ou de vaisseaux dont la lame basale est épaissie mais fragilisée)... En médecine légale, l'âge approximatif d'individus décédés. peut être déterminé à partir du tendon du diaphragme par l'étude de sa résistance à la digestion par la collagénase ou à sa résistance à la contraction thermique.

D'une façon biomimétique fonctionnelle les collagènes permettent aux industriels de fabriquer des gélatines qui sont les composants majeurs des colles (que l'on retrouve dans le nom "collagène").
Les agents tannants du cuirs permettent de donner souplesse et résistance aux fibres de collagène qui le composent principalement.

La lutte contre les rides du visage qui apparaissent avec l'âge est curieusement basée sur l'argument que les cellules du derme sécrètent moins de collagène avec l'âge, ce à quoi on vous propose de remédier par des injections sous-cutanées de collagène. Il s'agit davantage de modelage à partir d'un matériau réputé inoffensif que d'une compensation (l'injection de collagènes bovins ou porcins en est l'indice), même si l'ajout de certaines enzymes permet l'établissement de ponts entre les fibres nouvelles et le réseau en place.


Les collagènes sont des molécules variées formant des assemblages plus ou moins lâches, plus ou moins ordonnés et plus ou moins réticulés, de filaments extracellulaires plus ou moins collants. Ils participent à la matrice extracellulaire à laquelle s'accrochent les cellules. Ce sont des protéines d'adhésion (le mot collagène a été forgé à partir de "colle" et de "gène").

Deux paramètres principaux semblent gouverner la synthèse des collagènes (en plus des éléments génétiques) : l'âge des cellules (selon les types cellulaires ce sont des cellules jeunes ou âgées qui sécrètent le plus de collagène) et leur état de tension (les cellules soumises à des tensions sécrètent davantage de collagène).

Chez l'embryon, ce sont les cellules mésenchymateuses (cellules non différenciées du mésoderme), du derme et secondairement de l'hypoderme, qui, dès le 2ème mois, sécrètent la matrice de collagène, à laquelle viennent s'ajouter les fibres élastiques vers le 5ème mois.

Les fibres de collagène sont considérées physiquement comme des fibres viscoélastiques dont la déformation à l'étirement est d'abord élastique (rapide et qui revient à son point de départ lorsque cesse la contrainte) mais aussi visqueuse dans la mesure ou la déformation augmente lentement avec une rémanence, ce qui induit que la fibre se déforme plus lentement et avec une moindre amplitude que si elle était seulement élastique.
Les paramètres physiques déterminés in vitro dépendent bien évidemment des types de collagène. Pour des tissus, dont les fibres sont variées (présence d'élastine ou de fibres musculaires ou de kératines...) les données sont aussi très variables.

Les fibres de collagène sont résistantes avant tout à la tension. Elles sont sécrétées par des cellules soumises à des tensions et sont davantage sécrétées lorsque ces cellules sont soumises à des tensions supplémentaires.


Le premier niveau d'explication, conforme au paradigme dominant voudrait que l'on recherche des mécanismes physiques de contrôle mécanique de l'expression des gènes des collagènes.

Mais il est bien plus prometteur de rechercher des champs et d'autres grandeurs qui pourraient affecter un tissu soumis à des tensions et chercher à trouver comment sont modifiées les dynamiques de synthèse et d'assemblage des chaînes de collagène. C'est ce que certains laboratoires de biophysique et de biomathématiques font.


Je placerais ici au fur et à mesure des trouvailles quelques éléments qui vont dans ce sens biophysique...

article d'Yves BOULIGAND: CRISTAUX LIQUIDES - Phases mésomorphes biologiques (E.U.)

Pour une image présentant un biomatériel (synthétique) :


une phase cristalline liquide de collagène stabilisée :
on remarquera la structure en arceaux caractéristique des phases cholestériques (que l'on retrouve avec la cellulose par exemple)
,
pages de
l'équipe "matériaux du vivant" de l'UMPC
et particulièrement "Biomatériaux et hybrides organo-minéraux" (ancienne page 2007)

Ecole polytechnique; Mathématiques appliquées au vivant; http://www.cmap.p olytechnique.fr/ spip.php? rubrique23

 

Le groupe de travail Mathématiques-Biologie de l'ENS : http://www.dma.ens.fr/ equipes/edp/biomath/ biomath.html

 

Département de mathématiques appliquées de l'ENS : http://www. dma.ens.fr/

CNRS-INPG-Unive Grenoble-EPHE
* l'équipe DYNACELL de Philippe Tracqui:
http://www-timc.i mag.fr/ rubrique113.html du Laboratoire TIMC-IMAG (Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications de Grenoble)
et, dans la même structure,
* l'équipe CNRS - TIMB (Traitement de l'Information et Modélisation en Bio-médecine) de Jean-Louis Martiel :
Dynamique du cytosquelette d'actine : analyse par modèles

Université de Bordeaux - Centre de recherche Blaise Pascal:
http://www.crpp.u-bordeaux.fr/spip.php?rubrique3 SYBIO Physico-chimie des systèmes biologiques...

« En résumé, notre méthode appelée OFSHM (Orientation Field-Second Harmonic Microscopy : Microscopie d'orientation de champ par les harmoniques secondes (?)...) fournit donc une technique non destructive et potentiellement non invasive permettant de réaliser des images profondes de structures fibrillaires non linéaires (collagène, mysosine), et ainsi apprécier l'organisation structurale normale de tissus sains ou malades. OF-SHM peut s'utiliser jusqu'à quelques centaines de micromètres de profondeur et ne nécessite pas de métallisation puisqu'elle utilise un signal endogène.»


Vincent Fleury (site personnel), au sein du groupe biofluidique du Laboratoire Matière et Systèmes Complexes de l'Université de Paris-Diderot (P7), continue son approche novatrice de la morphogenèse;
Son ancienne équipe de Rennes avait mis au point une nouvelle technique de microscopie qui permet de suivre IN VIVO l'orientation d'assemblages moléculaires fibrillaires.
Une publication en libre accès:
C. ODIN, T. GUILBERT, A. AL KILANI, O.P. BORYSKINA, V. FLEURY, Y. LE GRAND. "Collagen and myosin characterization by orientation field second harmonic microscopy." Optics express, 16, (20), 16151-16165. (2008)

(b) collagène marqué par fluorescence (SHG) dans un embryon de poulet
(c) champ d'orientation des fibrilles par OF-SHM


Un site CNRS-Sagascience chimie et beauté à découvrir : http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/doschim/decouv/peau/keratine.html

Des pages intéressantes par leur démarche pédagogique (ne sont plus accessibles en 01/2010, dommage) : http://www.ac-versailles.fr/ etabliss/ lyc-lecorbusier-poissy/ SVT/TP_1S/ Cheveu/ cheveux_G.htm; plusieurs TP sont proposés autour des cheveux et permettent de balayer cette partie du programme : une approche biologique intelligente.


source principale de cette partie : Biologie Moléculaire de la cellule, Alberts et al., 1994, Flammarion-Médecine-Sciences, ch 16


2.2.2 Les kératines sont des protéines fibrillaires cytosquelettiques synthétisées dans le cytoplasme de toutes les cellules; les cornéocytes les accumulent et en meurent


Desmosome
MET (environ x 50.000): on distingue très bien sur les côtés gauche et droit de la photo les filaments de kératine dans le cytoplasme. Les membranes des deux cellules réunies ici séparent la photo approximativement selon un axe médian vertical. (accès à l'image à partir de la page: http://www.udel.edu/biology/ Wags/histopage/ empage/eep/eep.htm) avec l'aimable autorisation de Dr. Roger C. Wagner - Professor Emeritus of Biological Science - University of Delaware

schéma d'interprétation d'un desmosomes sur biodidac : http://biodidac.bio.uottawa. ca/ftp/ BIODIDAC /Zoo/ Cell/diagbw/ cell023b.gif

un schéma de situation, une interprétation et une électronographie de desmosome sur le site de Biologie du développement (légendes en anglais) : http://8e.devbio.com / image.php?id=104

Les kératines font partie des cytofilaments, c'est-à-dire des filaments (type intermédiaire, apolaires et de diamètre compris entre 10 et 15 nm) qui constituent le cytosquelette des cellules (qui comprennent aussi, d'autre part, les microtubules (25 nm de diamètre) et les filaments fins d'actine (5 à 9 nm de diamètre)).


Parmi les cytofilaments, les tonofilaments sont des filaments de kératine qui forment un réseau entrecroisé au sein du cytoplasme et s'attachent aux desmosomes qui sont des liaisons cohésives entre les cellules épithéliales. Au niveau de la peau les desmosomes sont présents dans tout le derme. Ils apparaissent donc dans des cellules soumises à des tensions et on pense que ces filaments sont les responsables des propriétés de résistance à l'étirement des épithéliums (les cellules restent soudées les unes au autres).

Les kératines sont caractérisées par leur insolubilité dans l'eau (liée à leur absence de polarité) et leur résistance aux enzymes protéolytiques (enzymes dégradant les protéines par rupture des liaisons peptidiques).


Pour les séquences
voir le site UNIPROT http://beta.uniprot.org/ keywords/416
(au 28/06/2007 il y a 744 protéines référencées (231 sont décrites chez l'homme).... des kératines différentes selon les organismes ou des types de kératines chez un type cellulaire ou dans le même type cellulaire et enfin des polypetides associés variés pour près de la moitié des références... )

On connaît actuellement plus de 49 gènes fonctionnels codant pour des molécules filamenteuses de kératine, qui peuvent être différentes, et qui s'associent entre elles en formant des dimères (qui sont les unités de base: deux molécules s'associent parallèlement c'est-à-dire avec leurs extrémités NH2 du même côté) puis des tétramères par association antiparallèle (tête-bêche) de deux dimères. Les polymères d'ordre supérieur donnent des fibres de diamètre variable. 5% des kératines du cytoplasme des cellules épithéliales sont sous forme tétramèrique. Il existe des kératines "molles" et "dures" qui diffèrent par les molécules des dimères. Les domaines alpha-hélicoïdaux (environ 310 aa) sont très conservés (les séquences protéiques ne changent que très peu: elles sont composées majoritairement de répétitions de 7 aa ou heptades qui favorisent le superenroulement) alors que les parties terminales et les parties reliant les domaines alpha sont beaucoup plus variables et donc différencient les filaments intermédiaires entre eux (qui peuvent avoir des PM de 40.000 à 200.000 daltons).


Ci-dessus : structure d'un dimère de base d'un filament intermédiaire
Image à l'adresse http://www.theses.ulaval.ca/2004/22343/22343001.jpg légèrement modifiée
Ci-dessous : assemblage bout-à-bout des dimères dans une fibrille puis des fibrilles accolées en un filament


On pense que le filament intermédiaire serait structuré en tube creux mais le schéma situé en bas n'est qu'une illustration IMAGINAIRE
(voir Biologie Moléculaire de la cellule, Alberts et al., fig 16-14)


Ultrastructure PARTIELLE de l'épiderme
(d'après Biologie du Développement, Gilbert, DeBoeck, fig. 12.31)

La synthèse de kératine est d'abord réalisée au niveau des kératocytes de la couche basale (couche de Malpighi) et de la couche suivante, non signalée ici, ou couche épineuse (stratum spinosum). Dans la couche granuleuse (stratum granulosum) les filaments de kératine (tonofilaments) s'agglomèrent par des ponts et forment des granules. La kératine "mûre" qui remplace tout le contenu cytoplasmique des cornéocytes est formée par l'agglomération des granules.

 

Pour de bonnes électronographies des différents types cellulaires voir par exemple le site de l'Université de Mainz en Allemagne :
Quelques
photos:
vue générale en coupe- MET x5.000 environ
vue des deux premières couches de kératocytes (reposant sur la lame basale et le derme en dessous à droite - basale en bas de la photo et épineuse en haut )- MET x6.000 environ
kératinocytes de la couche granuleuse - MET x10.000 environ
kératinocyte de la couche épineuse (indiqué comme provenant de la couche épineuse mais cela me semble peu probable étant donné les nombreux espaces avec les cellules voisines et l'important volume du noyau - MET x10.000 environ

Toutes les cellules épithéliales expriment des gènes de kératine mais les cellules qui sont soumises à des contraintes mécaniques (notamment les épithéliums) possèdent un grand nombre de filaments de kératine. Les kératinocytes accumulent différents types de kératine. Lorsqu'ils se transforment en cornéocytes, qui sont des cellules mortes, ils sécrètent un ciment lipidique hydrophobe (riche en céramides) qui les colle aux cornéocytes voisins. La différenciation des kératinocytes commence avec la synthèse de protéines particulières (involucrine et transglutaminase par exemple) et la transformation de la kératine en kératohyaline (filaments de kératine réunis par des ponts grâce à une protéine basique : la filagrine). On pense que l'arrêt de la synthèse des protéines est marqué par la formation d'amas de ribosomes. La différenciation se poursuit par des modifications de la kératine (nouveaux ponts disulfure, interaction avec des protéines matricielles, changement de taille moléculaire), et la dégradation du noyau par un mécanisme voisin de l'apoptose.
Certains kératocytes synthétisent des kératines très dures qui donnent la "corne". Les cellules épithéliales en phase de prolifération (mitoses) synthétisent des kératines particulières qui sont utilisées pour détecter les cancers épithéliaux
(par exemple données de génétique: http://www.theses.ulaval.ca/2004/22343/ch01.html).

Cependant il faut noter combien l'étude des filaments de kératine est difficile car elle est limitée à des expériences et observations in vivo (au niveau cellulaire, sur des souches isolées et souvent particulières). De nombreuses expériences sont aussi réalisées sur des "modèles" animaux (Souris...) chez qui on étudie les conséquences de certaines mutations affectant tel ou tel gène moléculaire de telle ou telle kératine (voir aussi référence ci-contre).

La présence des kératines et les jonctions étroites entre les cellules de l'épiderme sont considérées comme responsables des propriétés protectrices de l'épiderme (surtout par la couche cornée). Les kératines et le ciment interstitiel lipidique sont hydrophobes, ce qui justifie l'imperméabilité de la couche cornée (et donc la difficulté d'y faire pénétrer des cosmétiques en suspension aqueuse).


Le renouvellement de l'épiderme dure environ 6 semaines. Chaque kératinocyte de la couche basale germinative se divise une fois tous les 15 jours. La migration-différenciation du kératinocyte le plus externe va alors durer environ 28 jours. Il faudra encore une quinzaine de jours pour que le cornéocyte se détache de la couche cornée.
Les jonctions entre kératinocytes sont de type "gap-junction" (communicantes pour des ions et de petites molécules) et de type desmosomes qui sont des jonctions très cohésives. (Par contre les cellules de la couche germinative sont attachés à la couche basale conjonctive (à laquelle est accolée le derme) par des hémidesmosomes.

La desquamation est initiée par des enzymes contenues dans le ciment hydrophobe interstitiel.

La souplesse de la couche cornée dépend de la concentration en eau associée aux résidus protéiques cytoplasmiques hydrophiles. Lorsqu'ils sont en faible quantité la couche cornée devient cassante.


Les kératines sont des protéines intracytoplasmiques cytosquelettiques sécrétées par toutes les cellules. En faible quantité, les filaments de kératine structurent la cellule. Certaines cellules , au cours de leur différenciation, sécrètent presque exclusivement ces filaments (qui s'agglomèrent), perdent leur noyau et meurent. Leur cadavre, presque exclusivement protéique, mais agglomérés par un ciment lipidique, permet la constitution de couches cornées protectrices plus ou moins souples et des phanères de nombreux animaux.

Le cytosquelette est une structure dynamique :
* souple, il suit les déformations de la cellule induites, soit par des contraintes mécaniques externes, soit par des contraintes mécaniques internes, dues à des métabolismes;
* en permanent remaniement.


Dans la différenciation des kératinocytes en cornéocytes la synthèse des kératines devient prédominante puis, brusquement, par un phénomène voisin de l'apoptose, il y a différenciation en cornéocyte avec formation d'une couche cornée. Cette différenciation coïncide avec l'exposition à l'air des kératinocytes (et donc avec leur dessèchement). Ces couches épidermiques les plus externes sont aussi celles où les tensions sont maximales. Des zones plus localisées comme les durillons (doigts), les cals au niveau de la plante des pieds... apparaissant plus tardivement, sous l'action de forces répétées, sont aussi de bons marqueurs de ce remaniement cellulaire mécanosensible.

extrait de René Thom, La notion de préprogramme en biologie, 1984(f5), p11

«Le point important est de préciser les contraintes qui relient ce comportement biochimique global à la morphologie spatio-temporelle décrivant l'évolution de la cellule au cours d'un cycle de reproduction. Un couplage spatial entre phases et régimes métaboliques va s'imposer. Le complexe macromoléculaire doit nécessairement coloniser la membrane limitante (relativement fixe) ; ainsi va se constituer un cytosquelette, partiellement mobile, mais qui néanmoins permet de suivre, dans une carte globale définie dans R4, la trajectoire de tout point lié à ce squelette (mathématiquement le cytosquelette définit une connexion). La partie du cytosquelette située dans la membrane limitante est l'homologue des rives de notre flux métaphorique, car la biochimie « statique », de cette enveloppe varie peu (elle s'accroît par polymérisation); au contraire les macromolécules internes vont constituer la partie mobile, la roue du moulin ; l'axe de la roue aura pour homologue le génome...»


La vision de René Thom était fortement influencée par l'idée d'un cytoplasme liquide par rapport à un squelette rigide. Cette opposition est maintenant considérée comme fausse (voir page sur la cellule).

La dynamique de synthèse des kératines passe donc d'un régime cellulaire global (pour tout le cytoplasme) dans la phase embryonnaire, à un régime beaucoup plus localisé aux zones de tension et d'accrochage entre les cellules (au niveau de nœuds que sont les desmosomes) pour finir, lors de la différenciation en cornéocytes, par atteindre un régime paroxysmal conduisant à la mort cellulaire.

En travaux

Document de l'APBG-INSERM: La peau humaine (1997)
Encyclopédie Universalis

Un dossier CNRS-Sagascience :http://www.cnrs.fr/ cw/dossiers/ doschim/ decouv/peau /melanines.html


2.2.3 Les mélanocytes synthétisent des mélanines à partir de la tyrosine grâce à l'activité d'une enzyme (la tyrosinase) et les kératinocytes la stockent dans des mélanosomes
Contrairement aux deux exemples précédents portant sur des cellules dont l'activité métabolique était tournée vers la synthèse d'une protéine ou d'un groupe de protéines, les cellules évoquées ici synthétisent un pigment non protéique ou le stockent.
Il est d'usage de dire que les protéines, en tant que molécules directement associées au fonctionnement des gènes moléculaires, contrôlent la synthèse et l'accumulation de ces pigments. Qu'en est-il réellement ? Comment les protéines interviennent-elles dans ces activités ?

Pourquoi synthétiser des pigments?
Et pourquoi y-a-t-il des différences de couleur de peau entre les individus ?

On aimerait pouvoir dire que les mécanismes conduisant à la synthèse et à l'accumulation des pigments colorant les cellules de la peau forment un groupe cohérent et homogène. Bref, on recherche un déterminisme qui serait associé à une fonction locale unique.

Mais ...

* du point de vue chimique seules les eumélanines forment un groupe de composés homogènes. Dans la plupart des cellules pigmentées, aussi bien chez l'homme que chez de nombreux animaux, la pigmentation résulte de l'accumulation de plusieurs pigments. De plus, des facteurs difficilement quantifiables, comme la vascularisation, interviennent aussi dans la coloration.

* du point de vue cytologique on observe bien une certaine unité: des cellules fabriquent des grains colorés et les transmettent à d'autres cellules qui les stockent. Il y a donc séparation des mécanismes de synthèse et de stockage.

D'autre part les mélanocytes ont une origine ectodermique particulière (crêtes neurales, voir ci-dessus), ce qui, avec leur morphologie (un corps cellulaire prolongé par de nombreux dendrites) et leur anatomie (un mélanocyte est en contact dendritique avec un nombre relativement précis de kératocytes (jusqu'à 36), souligne encore les affinités avec les cellules nerveuses. D'une façon générale, il est admis que les cellules nerveuses ont un rôle principal dans la communication (traitement des signaux sensoriels, motilité, contrôle rapide des fonctions organiques...voir suite cours de 1ère S). Ce rôle serait ici conforté. On peut ainsi affirmer que les mélanocytes ont des affinités (embryologique, structurale et fonctionnelle) avec les astrocytes.


Documents iconographiques sur internet:
Photo de mélanocyte au MET x8000 environ sur le site de l'université de Mainz en Allemagne)

Vidéo (.mov) de mélanosomes en mouvement à l'intérieur des mélanocytes séquence #1 (http://dir.nhlbi.nih.gov/ labs/lcb/mcb/images/1.mov sur le site http://dir.nhlbi.nih.gov/ labs/lcb/mcb/)


Il ne semble donc ne pas y avoir de logique chimique simple entre type de coloration et la synthèse de tel ou tel pigment. On peut bien sûr répondre que le contrôle est donc extrêmement compliqué et que le modèle génétique garde tout son intérêt, mais c'est encore une fois diminuer le rendement du modèle en augmentant la convenance analogique par l'introduction de paramètres inconnus...et donc en diminuant le pari (voir Qu'est-ce qu'un modèle ?).


Peut-on trouver un rôle à ces pigments ?  

Le premier rôle supposé est celui de la protection contre certains rayonnements solaires

On a ensuite souvent avancé l'idée que ces pigments sont des déchets cellulaires; le stockage dans des cellules à courte durée de vie et leur élimination par desquamation serait un mode commode d'excrétion.

Ne peut-on pas envisager que certains pigments soient synthétisés pour eux-mêmes ? Le déterminisme n'est pas alors dans la composition chimique des pigments, ni dans leur devenir, mais dans la couleur de peau elle-même. La couleur de peau comme lien social.

Comment prendre en compte la dimension de relation de la couleur de peau qui intervient dans la structuration des sociétés ?

Comment rendre compte de cette unité et de cette variabilité par un modèle ?

En tout cas il est clair que l'on ne pourra se limiter au seul niveau moléculaire.

 

En travaux


Les mélanines forment un groupe hétérogène dont l'unité vient de leur rôle dans la coloration des cellules.


Les mélanines (du grec melas , melanos , noir) sont des polymères formant une famille de pigments très divers dont la couleur varie du jaune au brun et au noir; certaines sont rouges. Dans l'organisme, les mélanines sont souvent combinées à des protéines.
Les mélanines jouent à la fois un rôle photoprotecteur (protection contre les rayonnements solaires par absorption des photons et des radicaux libres ) et photoagressif (libération de radicaux libres.
On classe les mélanines selon leur couleur en 2 groupes :

1 - phæomélanines (ou phéomélanines, jaune à rouge-brun clair, solubles dans la soude) et eumélanines (brun à noir, insolubles), mélanines animales: par exemple les pigments des cheveux, des plumes et de l'encre des Céphalopodes (sépiomélanines) qui sont des eumélanines; ils peuvent en outre (dans les plumes) participer à des phénomènes de diffraction de la lumière donnant ainsi des couleurs irisées. Les pigments de cheveux humains roux et des poils de renards rouges sont des phæomélanines. Les phæomélanines et eumélanines peuvent coexister ou s'ajouter à d'autres pigments et l'on obtient ainsi une grande variété de pigmentations (dans les plumes par exemple).
* Les eumélanines forment un groupe chimiquement plus homogène: leur précurseur biologique est la tyrosine; l'oxydation de cette dernière donne le dopachrome, l'acide dihydroxy-5,6 indole carboxylique et le dihydroxy-5, 6 indole; la polymérisation de ces précurseurs conduit aux eumélanines. Toutes les réactions qui aboutissent à la mélanine sont catalysées par une seule enzyme, la phénoloxydase ou tyrosinase. La tyrosinase est l'enzyme essentielle chez l'homme de la synthèse de mélanine. Des mutations ponctuelles du gène de la tyrosinase ont été isolées chez l'homme et rapportées à différents formes d'albinisme. L'albinisme chez l'homme, absence de mélanine dans la peau, les phanères, l'iris et la rétine, s'accompagne d'une augmentation de l'élimination urinaire de la phénylalanine et de la tyrosine.
* Les phæomélanines sont hétérogènes: elles proviennent de la tyrotine et de la cystéine.
Cependant il y a souvent des modifications de ces substances par l'introduction d'éléments divers.

2 - allomélanines (très diverses), que l'on trouve dans les autres royaumes que le règne animal par exemple la sclérotine des cuticules d'Insectes, ou le pigment noir des spores de champignons comme Aspergillus niger.
Dans les allomélanines on trouve des produits de réaction des quinones sur des aminoacides et des protéines, des polymères de polyphénols (acides humiques), etc. La structure des acides humiques du sol, de la tourbe et des charbons est particulièrement complexe du fait du grand nombre de polyphénols pouvant entrer dans leur composition. Chez les Insectes, l'apparition des pigmentations dues aux mélanines est très sensible aux conditions de l'environnement, comme la température, l'humidité et la teneur en gaz carbonique.


Les mélanines sont des pigments produits par des cellules issues des crêtes neurales et accumulés dans des vésicules golgiennes à structure lamellaire.
Chez l'homme les mélanosomes contiennent soit des eumélanines soit des phæomélanines. Mais les phæomélanocytes peuvent évoluer en eumélanocytes.


Les eumélanines humaines sont formés par les mélanocytes (au sein de vésicules golgiennes) qui les transfèrent sous forme de mélanosomes dans les kératinocytes (cellules épidermiques). Les grains de mélanine formés par transformation de la tyrosine migrent dans les dendrites du mélanocyte, puis passent dans les kératinocytes. On a isolé des facteurs génétiques qui interviendraient dans le contrôle du type et de la quantité de mélanine formée, de la taille et de l'emballage des mélanosomes. Dans la peau de type négroïde, on trouve -dès la naissance- de très nombreux mélanosomes, isolés et de grande taille, tandis que, dans la peau de type caucasoïde, ces mélanosomes, de petite taille, sont regroupés en paquets à l'intérieur d'une même membrane et sont peu nombreux (voir plus bas).

Les mélanosomes possèdent une structure lamellaire revélée en microscopie électronique sur les jeunes mélanosomes. Dès que l'accumulation de mélanines est importante la structure lamellaire n'est plus reconnue (in Ultrastructure cellulaire et tissulaire, Cross, Mercier, 1995, De Boeck Université, p 248-249).


Si certains pensent encore que la proportion d'eumélanines par rapport aux phæomélanines dans les mélanosomes peut être contrôlée génétiquement (notamment par le gène MC1-R) - ce qui permettrait de conforter l'idée d'un contrôle génétique de la couleur de peau - ils doivent quand même avouer l'inefficacité du modèle génétique (avec les quelques 128 gènes, sous de très nombreux allèles, actuellement connus pour être associés à la synthèse des mélanines). De plus les gènes associés à la couleur de peau sont les même que ceux impliqués dans la couleur des cheveux, malgré les différences cytologiques. Là encore le paradigme génétique conduit à une impasse.

Pour une vision limitée au paradigme moléculaire voir La couleur de la peau : une variable continue, Pascal Léonardi, Pour la Science, 313, nov 2003, pp 62-69


Ultrastructure PARTIELLE de l'épiderme
(d'après Biologie du Développement, Gilbert, DeBoeck, fig. 12.31)

Synthèse de mélanine dans les mélanocytes de l'épiderme chez l'homme et accumulation dans les kératocytes (ou kératinocyte) (in E.U).

Les mélanocytes produisent la mélanine et les kératinocytes l'accumulent.


Les couleurs de peau sont un paramètre continu (et qualitatif) dans l'espèce humaine

La seule différence entre la peau "noire "et la peau "blanche" réside dans le nombre, la taille et le type des mélanosomes (La peau humaine, APBG-INSERM, doc A - fig. 3 et 4).. (voir image ci-dessus pour la position de ces cellules en coupe histologique)


Chez un homme à peau claire ( de type caucasien) les mélanocytes sont facilement reconnaissables: peu nombreux, à la base de l'épiderme, et au cytoplasme clair (ils sont peu actifs); les kératinocytes de la base (en contact avec les prolongements dendritiques des mélanocytes) ont souvent un cytoplasme plus foncé. Les mélanosomes sont injectés par petits groupes dans les kératinocytes et digérés rapidement lorsque que le kératinocyte migre vers la couche cornée.


Couche cornée d'une peau de type causasien

Couche cornée d'une peau de type négroïde (mélanosomes non digérés)

 

Chez un homme à peau sombre (de type négroïde), les mélanocytes sont très difficilement différenciables des kératinocytes : ils sont très nombreux mais leur cytoplasme est sombre, tout comme celui des kératinocytes; on peut cependant les différencier sur de fines coupes à des grossissements plus élevés (x 600) par leurs expansions dendritiques et leur cytoplasme de couleur plus homogène que celui des kératinocytes. Les mélanosomes sont plus gros que ceux de la peau claire, injectés un à un dans les kératinocytes, et résistant, du fait de leur taille, à la digestion, de sorte qu'ils restent présents dans la couche cornée.

La vascularisation dermique intervient bien sûr aussi dans la couleur de la peau (du fait de la couleur rouge sanguine, liée à l'hémoglobine) mais moins que la composition et la forme des mélanines stockées.

Les mélanocytes se dispersent dans les premières couches (basales) de l'épiderme, au voisinage de la couche dite de Malpighi qui, par division, régénère l'épiderme de façon continue (on change d'épiderme tous les 6 semaines environ !). Le nombre de mélanocytes par rapport au nombre de cellules basales de l'épithélium varie selon les régions du corps entre 1/5 et 1/10; la face et les organes génitaux contenant le plus de mélanocytes par rapport aux cellules épithélilales basales.


Comment rendre compte d'un paramètre (la couleur) qualitatif et continu avec une concentration ou une répartition quantitative d'un ou de plusieurs pigments ?

À la recherche d'un modèle continu

Y-a-t-il un bord net entre les différentes couleurs à partir du moment où elles sont sur un substrat ?

Ne peut-on pas passer continûment d'une couleur à une autre ?

Pour René Thom, à la suite d'Aristote et avec Gœthe, la couleur et un genre (genos) et "bleu "ou "rouge" sont des espèces (eidos). Avec le vocabulaire thomien on parle de prégnance et saillance.

« Il faut ajouter qu'en réfléchissant à ce qu'Aristote appelait, l'équivalence par excès ou par défaut entre deux organismes, d'Arcy Thompson a été amené à l'interpréter comme une isotopie entre les deux stratifications en homéomères de ces organismes. Découverte fondamentale, qui jette une lumière sur la définition de l'espèce chez Aristote. (Il s'agit plutôt d'une équivalence selon le genre (), plutôt qu'une équivalence plus fine selon l'espèce ().)»

René Thom, inédit, Document 9 (16 novembre 1993) La Naturphilosophie, son apport historique, et quelques illustrations actuelles, 1993 (i), p64

Il s'agit donc d'élaborer un modèle mathématique thomien qui utilise un paramètre social...

En travaux...


la partie sur l'ADN placée ici a été déplacée dans la page "Comprendre les génomes"


A3 - Le paysage phénotypique en construction

Comment formaliser la spécificité d'une cellule ? Le paysage épigénétique de Waddington était une vision très intéressante, continuiste, qui se différenciait de l'approche cybernétique qui, quant à elle, a débouché sur la science des réseaux que l'on retrouve dans la biologie intégrative ou systémique. Étant donné le sens donné maintenant à épigénétique, je préfère parler de paysage phénotypique mais c'est le sens de paysage épigénétique de Waddington que je cherche à atteindre.


À l'attention des élèves qui auraient atterri ici sans passer par le début du chapitre:
cette partie n'est pas faite pour vous mais je vous encourage à récuser le raisonnement simpliste de celui qui prétendrait tout "comprendre" à l'aide des molécules (une vision réduite du génotype au phénotype qui revient à dire que le phénotype est causé par l'expression du génotype): ce n'est pas parcequ'une protéine est synthétisée par une cellule qu'elle possède une fonction unique. La fonction dépend beaucoup de l'environnement (voir
chapitre sur les protéines). Ce n'est pas la somme des fonctions (locales) de toutes les protéines synthétisées qui peuvent rendre compte de fonctions globales (comme la nutrition d'une cellule ou sa division qui fait partie de sa croissance et donc de sa nutrition).

3.1. Comment une molécule participe-t-elle au paysage phénotypique ?

... ou quel est le sens d'une molécule vis-à-vis des caractéristiques d'un organisme ?

 

 

 

voir Introduction de ce chapitre

... par sa fonction locale


Cette question a déjà été abordée sommairement dans le chapitre historique à propos du repliement d'une protéine : 1.2 De la physiologie aux réactions enzymatiques, seules dynamiques du vivant, puis retour; il s'agit maintenant de proposer d'autres exemples et d'essayer d'avoir une vue d'ensemble.

Une illustration d'un paysage énergétique du repliement d'une protéine (Fig 1 de l'article); celui-ci est en deux dimensions. Vous le rapprocherez aisément du paysage phénotypique de Waddington en 3 dimensions (voir cours de seconde sur l'effort pour la première approche sur les fonctions).


+ la méthode d'investigation détermine le sens des résultats


On n'observe rien sans chercher à comprendre. Pour comprendre une molécule dans un environnement donné, on recherche son histoire, sa structure et son devenir. On émet ensuite des hypothèses sur sa fonction (en vertu de la finalité naturelle du vivant organisé comme un tout dont les parties concourent à la fin qui est la vie - voir les 4 causes).

Par exemple : l'hémoglobine, synthétisée une fois pour toutes dans une hématie qui se meurt, transporte le dioxygène et de dioxyde de carbone (fonction locale) des organes respiratoires aux autres organes (fonction locale étendue). De par ses propriétés mécaniques, l'organisation de l'hémoglobine dans l'hématie est aussi responsable des propriétés élastiques de l'hématie qui permettent de comprendre sa déformation lors du passage de capillaires étroits et sa participation aux caractéristiques rhéologiques du sang.

 

voir page sur la science (l'enquête scientifique)


+ une molécule, par sa fonction locale, est la trace d'une fonction globale

 

 

Les mutations et le problème de la variation

* La fonction locale peut être déduite des propriétés physico-chimiques. La fonction locale in vivo est raisonnablement supposée être une prolongation de la fonction locale in vitro. Mais il est légitime de penser qu'elle ne s'y résume pas.


Il n'est pas rare que, et dans l'enseignement tout particulièrement, l'on se contente d'un raisonnement simpliste :
- on marque une substance;
- on suit pendant une division ou une phase métabolique sa localisation;
- on suppose un rôle (fonction locale étendue) dans la division en rapport avec sa localisation...
* le marquage d'une substance permet de suivre son devenir mais beaucoup plus rarement sa fonction locale; aucune fonction globale ne peut en être inférée :

Les erreurs viennent ;
- du trop fort pari entre localisation et fonction
- de la supposition - trop rarement remise en question - que la fonction locale étendue repose sur une substance ou, au moins, sur une chaîne de substances, avec un déterminisme absolu entre la présence de la substance et la réalisation de la fonction locale étendue.

Il peut y avoir d'autres causes, pas forcément liées; pour établir une relation de causalité il faut explorer tous les cas possibles de présence de la fonction et d'éventuelle absence de la substance... et l'on obtiendra jamais de preuve.

Enfin, et ce dernier point est lié au précédent, la technique de sélection empêche de conclure à un déterminisme : il suffit d'imaginer un autre mécanisme en compétition pour la même fonction locale étendue. Si l'on sélectionne des individus chez lesquels il n'y a pas de fonction locale on sélectionne aussi ceux chez qui le réseau ne compense pas la fonction; ce sont ceux qui ont toujours la fonction qu'il faut explorer et voir comment la fonction est réalisée... ce qui n'est guère possible car on est revenu au point de départ puisqu'il s'agit de trouver des causes...

- si possible, on SÉLECTIONNE un "mutant" qui ne synthétise pas cette substance et qui survit ;
+ si on observe que la fonction locale étendue est perturbés on AFFIRME - de façon erronée - que la substance a bien la fonction locale étendue supposée.
+ si aucune perturbation apparente n'est relevée, on suppose que la substance n'intervient pas - à tort, puisque la cellule peut combler des déficiences de différentes manières .


* l'utilisation de bloquants de la synthèse de la substance ou la sélection de mutants, ne permet d'explorer qu'une seule voie de synthèse ou d'action de la substance et non pas d'explorer la redondance des systèmes métaboliques


... je suis bien conscient que cette présentation reste beaucoup trop théorique ; je travaille à une formulation thomienne des exemples ci-contre...

1er exemple: les cadhérines et l'adhérence cellulaire

source: Biologie du développement, Gilbert, de boeck, 2004, pp 74s
sur internet: compléments en anglais :
http://8e.devbio.com/ article.php?ch=3 &id=21

Les cadhérines sont des protéines intervenant en présence de CAlcium dans l'ADHÉRence cellulaire. Ces protéines intrinsèques (traversant la membrane) permettent l'adhésion cellulaire grâce à la liaison entre cadhérines (liaison homophile entre cadéhenines du même groupe) de deux cellules voisines , et, du côté intracellulaire, s'ancrent au cytosquelette d'actine grâce à des peptides du complexe des caténines.
Les protéines
(desmoglein I , desmocollins I et II) impliquées dans la jonction cellulaire de type desmosome (voir ci-dessus) sont aussi de la famille des cadhérines.

Les cadhérines peuvent donc être considérées comme un groupe de protéines-crochet, ancrées sur le cytosquelette. De par leur fonction locale d'accrochage homophile (lorsqu'elles sont du même groupe), elles pourraient aussi assurer l'accrochage des cellules entre elles au sein d'un tissu.

Des expériences in vitro et in vivo ont été tentés pour essayer de documenter cette fonction étendue. L'injection d'ARN antisens (qui bloquent les ARN des cadhérines et diminuent la cohérence des tissus) ou au contraire d'ARN supplémentaires de cadhérines (qui prolongent les adhésions), ont montré, localement, sur quelques embryons de Xénope, que les cahérines sont essentielles à la formation des structures embryonnaires.

en travaux


2ème exemple: les hémoglobines et leurs propriétés

ancien cours de terminale spécialité (voir données sur les hémoglobines: 2.2)

La drépanocytose une maladie associée à la présence en proportion importante chez l'enfant puis chez l'adulte d'hémoglobine anormale avec une ou deux des chaînes ß (bêta) de l'hémoglobine modifiées (forme S : substitution de la valine (Val) à la place de l'acide glutamique (Glu) en sixième position de la chaîne).
L'hémoglobine S (HbS ou HbSS selon que les deux chaînes bêta sont ou non modifiées) présente des propriétés de fixation du dioxygène et du dioxyde de carbone atténuées. Mais on a noté aussi, et surtout aux basses pressions partielles de dioxygène, que l'HbS avait tendance à se polymériser et donc déformer l'hématie qui prend une forme de faucille (d'où le non de drépanocytose ; drépano= faucille en grec) et tend à se bloquer dans les plus fins capillaires par perte de sa capacité à se déformer. Les thromboses observées chez les drépanocytaires sont donc dues à ces modifications des propriétés rhéologiques du sang contenant des hématies à HbS ou HbSS.

Les propriétés locales de l'hémoglobine sont donc d'abord la fixation des gaz mais aussi la capacité à ne pas former des amas trop stables dans l'hématie qui empêcheraient la déformation souple des hématies nécessaire à leur circulation.

La première propriété locale a été explorée notamment par les travaux inoubliables de M. Perutz (prix Nobel de chimie en 1962). La fixation autocatalytique du dioxygène sur les chaînes fut aussi une grande avancée de la biochimie appliquée à la physiologie humaine (voir par exemple http://www.ednes. com/gds/ po3.htm) .

Enfin, la seconde propriété n'a été reconnue que bien tardivement. Elle n'est pas déductible directement de l'analyse de l'assemblage moléculaire que constitue une molécule d'Hb, déjà fort complexe.

La fonction globale (qui est la nutrition) est inaccessible par voie montante depuis la molécule vers l'organisme.

en travaux


3.2. On peut définir un paysage phénotypique cellulaire pour un unicellulaire

Les paysages dynamiques doivent être présentés dans des espaces de très grande dimensions (accessibles à la représentation par des "coupes" à deux ou trois dimensions).


+ le paysage est souvent partiel
L'exemple le plus pertinent - et simple - est celui donné par Lucien Dujardin à partir des formes de la levure Candida albicans.

article (en anglais) : http://pharmaweb. univ-lille2.fr/ apache2-default/ labos/ parasitologie/ anglais/ Candida.html

reprise de l'exemple sans la page sur les modèles thomiens en SVT sur ce site

Représentation en 3 dimensions de la
dynamique de la morphogenèse de Candida albicans
en fonction du gradient de dioxygène et de l'âge de la colonie


+ les paysages sont multiples
la forme est remodelée sans cesse par les interactions avec le milieu (forme nutritive, relationnelle, reproductive....)
+ le paysage est
héritable...
la forme est héritée avec les dynamiques.
en travaux


3.3. Les paysages phénotypiques de l'organisme pluricellulaire encore inaccessibles

+ le paysage morphogénétique le plus global résulte du développement de la blastula physiologique* (René Thom )

 

 

 

voir annexe en bas de page

la tentative la plus novatrice:
modèle très hypothétique de figure globale de régulation de l'être vivant

René Thom, Esquisse d'une sémiophysique, 1988, p 73

«...il faudrait décrire aussi explicitement que possible la figure de régulation de l'être vivant (blastula physiologique), de l'homme en particulier, et y spécifier la place particulière du psychisme, et ceci de manière « ontogénétique ». Il faudrait aussi être capable de définir l'embryologie (l'ontogenèse) des fonctions organiques, un problème qui pose des difficultés formelles, car une fonction physiologique, en principe, est un être abstrait, formel, susceptible d'une définition ne varietur, donc incapable d'évoluer temporellement. Que les topiques freudiennes nous montrent le chemin, c'est, je crois, indéniable, mais il faudrait les meubler pour exprimer les contraintes spatiales et biochimiques de la reproduction, au moins les plus grossières que nous connaissons.» (René Thom, œuvres complètes, 1994f2.pdf, p 9)


pour des fonctions plus restreintes, des modèles beaucoup plus simples sont envisageables...

+ les puits de potentiel figurant aussi bien les gradients morphogénétiques embryonnaires que les figures stables de régulation physiologique comme l'homéostase.

 

 

 

 

 

René Thom in œuvres complètes: 1984f12.pdf

 

pour la causalité voir
les 4 causes d'Aristote en SVT

c'est la formulation la plus proche du paysage épigénétique de Waddington


J'ai commencé à essayer de formaliser les figures de régulation de l'homéostase nutritionnelle lors de l'effort (2nde) et de l'homéostase nutritionnelle glycémique pour le système nerveux (1èreS)
voir aussi les
diapositives d'une conférence à Poitiers de 10/2005

en travaux

 

 

« Dans un phénomène tel que la coagulation du sang, on est amené à écrire un diagramme complexe de réactions causales entre diverses substances (thrombine, prothrombine, facteurs, etc.). Lorsqu'on essaye de prolonger ce diagramme vers le passé pour isoler les « causes ultimes » du phénomène, on observe qu'il va en se ramifiant quasi indéfiniment, en sorte qu'à la limite, une minime impureté suffirait à elle seule à déclencher tout le processus. Il serait raisonnable, dans cette situation, de parler de « causalité diffuse ». Beaucoup - devant un tel cas - invoquent l'aléatoire, mettent en cause le déterminisme et se réfugient dans la statistique. Avant d'en venir là, il pourrait être utile de voir si la structure globalement convergente du schéma causal ne pourrait être modélisée comme un gigantesque puits de potentiel, dont le potentiel s'interpréterait comme une qualité occulte, une vertu efficiente. Mais en biologie, on a été si longtemps prémuni contre la métaphysique des qualités qu'on se refuse à cette considération. Et cependant, ayant à choisir entre le Charybde de l'aléatoire et le Scylla du métaphysique, ne vaudrait-il pas mieux, à tout prendre, choisir ce dernier ? Claude Bernard - en strict positiviste - s'est abstenu de toute théorie concernant l'analyse causale et la formation d'hypothèses. Francis Bacon, lui, n'a pas hésité à développer toute une métaphysique des qualités (les « formes »), qui se distinguaient fort peu des « species » de l'École (et cela en dépit de son anti-aristotélisme déclaré). Claude Bernard, à cet égard, critique Bacon pour ne pas s'être détaché de l'aristotélisme et n'avoir pas usé de la « vraie méthode expérimentale (fondée sur les mathématiques) inaugurée par Galilée ». En cela il fait preuve d'inconséquence. Car son propre raisonnement causal ne dépasse en rien la causalité aristotélicienne. L'esprit philosophique n'était sans doute pas son fort, mais il avait beaucoup mieux : une prodigieuse intuition holistique des faits du métabolisme vital. La constance du milieu intérieur - sa plus belle découverte - pouvait-elle être autre chose qu'une idée a priori, provenant d'une intuition globale de l'unité de l'organisme, projetée dans le substrat biochimique de l'organisme ?».


+ des modèles mathématiques en médecine intégrant les données génétiques, héréditaires, épidémiologiques...

l'exemple de la phénylcétonurie me paraissait être un des plus accessibles... finalement seule l'alcaptonurie s'est révélée l'être quelque peu. Mais ces maladies se prêtent beaucoup moins que prévu à des modèles mathématiques... j'y travaille.

en travaux


Annexe (extrait d'un texte de René Thom sur le mode de construction de sa blastula physiologique, traitée par ailleurs dans Esquisse d'une sémiophysique, 1988)

1988, 7. Contribution au séminaire de la Société Française de Biologie Théorique, Solignac, 6-9 juin 1988 (René Thom, œuvres complètes 1988f7, pp12-16)
La typographie n'a pas pu être totalement respectée. Les figures ont volontairement une définition suffisamment mauvaise pour qu'elles ne puissent avoir un autre usage que celui d'illustrer le texte. Je renvoie au texte original disponible sur le CDRom des œuvres complètes de René Thom.

« J'ai proposé un modèle dynamique de l'embryologie du noyau dur des fonctions organiques universelles : celui de la blastula physiologique (note10: Cf. « Ambiguïtés de la complexité en biologie »). Ce modèle offre une possibilité de résoudre le problème de l'embryologie des fonctions ; de plus la concaténation des cycles d'hystérésis est une image de l'asservissement d'une fonction (1) à une fonction (2) (note 11: Concaténation des cycles par règle de la coïncidence des coplis. Cf.. « La notion de programme en biologie », [n.e, 1984, 5]).
Si on introduit les centres des cycles (1) et (2) comme âmes de ces fonctions, on dira que le mouvement de (1) engendre comme par un engrenage la rotation de (2). Dans une telle cascade, l'attribution (aiôn, chronos) est relative : l'aiôn de (1) se prolonge dans le chronos de (2). Comme la distinction aiôn chronos recoupe la distinction classique « variables lentes, variables rapides », ce relativisme est aisé à admettre.

Le problème essentiel est de comprendre la localisation des fonctions, leur manifestation dans la structure visible.


Le cas le plus simple est celui des strates de codimension 1 : les membranes, ou muqueuses, qui séparent deux milieux différents, entre lesquels elles assurent des transferts de flux à valeur régulatoire. Là, la localisation est du type de celle imposée à un « lieu de catastrophe » dans le modèle de la théorie des catastrophes. On ne peut guère - à mon sens - parler de la fonction d'une membrane, si ce n'est sous forme cyclique : si la membrane sépare les milieux a et b, alors les transferts a->b et b-> a impliquent des métabolites différents (aext, à la sortie, aint à l'entrée), de sorte que le schéma général est cyclique (fig. 7).


Considérons dans cet esprit la fonction « circulation sanguine ». Elle est caractérisée par le cycle de la figure 8, auquel il faut ajouter le cycle de la respiration (fig. 9).



Chez les vertébrés (supérieurs) le centre organisateur, l'âme de la fonction « circulation », s'est localisé dans le cœur ; il s'est réalisé spatialement par l'accolement de deux tubes pulsatiles correspondant aux « links » des arêtes DP, QA de la figure 8 plongée dans R3. Je proposerai pour la représentation formelle de la relation structure-fonction les principes suivants :
1) Toute fonction (F) peut être représentée par un point dans un espace euclidien abstrait qui est un PHI = R x M, R coordonnées spatiales, M variables métaboliques. Ce point central est l'âme de la fonction (F).
2) L'ensemble des activités organiques qui constituent la fonction peut être représenté par un champ de vecteurs (flux) dans le « link » alpha(O), (bord de la boule centrée en O dans PHI).
3) Ces organes impliqués dans la fonction (F) sont la projection ¼ : PHI -> R dans l'espace (R) des coordonnées à valeur spatiale ; les flux réalisés dans les fibres de PHI sont des transformations biochimiques de milieux organiques localisés dans les organes (
note 12: De ce point de vue la projection (¼) : PHI -> R n'est pas générique. Elle présente de l'éclatement, localisé sur l'ensemble des valeurs critiques, les « organes ».) : quand on dit que la fonction d'une membrane est d'assurer certains transports actifs entre les deux milieux (a) et (b) qu'elle sépare, on oublie les transformations (aint->aext) et (bint->bext) qui assurent la permanence du système. Il s'agit donc là d'une fonction « prétéritive » (en ce sens qu'on oublie l'effet du reste du système). Il en va de même lorsqu'on dit que la fonction du cœur est de pomper le sang dans les vaisseaux.


Une grande part du caractère finaliste des fonctions vient du fait que presque toutes les finalités organiques, qui apparaissent souvent de manière intuitive, définissent des fonctions « prétéritives ». S'explique ainsi qu'on puisse fréquemment associer l'axiome (2) - la structure organique d'une fonction est son « link » - à une fonction prétéritive. Donnons ici une illustration de grande portée, à la fois biologique et technique.
La vie étant considérée comme une fonction, son point représentatif a une projection dans R3, l'espace usuel, et l'organe « link » du point-âme est la peau, support d'un flux d'évacuation, à l'origine de sensations tactiles, et séparant l'intérieur de l'extérieur. Mais les flux d'entrée et de sortie ont pour image dans R3 les orifices nécessaires (bouche, anus, yeux, nez, etc.) à la réalisation de ces flux. L'aiôn est l'ego, et la peau présente par suite le caractère essentiel de l'aiôn. Les flux fonctionnels peuvent présenter un caractère transitoire, ils sont du domaine du chronos ; mais le « link » d'un vecteur transverse à la peau y définit un trou, plus exactement le bord du trou.
Ainsi donc la protection organique générale, du ressort de l'aiôn, est limitée topologiquement par la présence nécessaire d'orifices réalisant les fonctions du chronos. Mais ces orifices sont du type « disque » ou « fente » ; ils ont tendance à minimiser leur aire à la surface de l'organisme. Il en va de même en technique : les murs et le toit d'une maison doivent être percés de portes et de fenêtres. La subordination ontologique du chronos à l'aiôn se voit dans le fait que l'aire totale des orifices est petite par rapport à celles de la paroi, les orifices étant le plus souvent ponctuels (ou quasi ponctuels).
On retiendra de cette étude le fait que les rapports fonctionnels entre «fonctions », lorsque ces dernières sont «prétéritives » et ne donnent pas naissance à des structures cycliques complètes, peuvent donner lieu à une géométrie très compliquée. On est loin du simple rapport d'asservissement d'une fonction phi1 à phi2, signifiant que l'activité de phi1 apparaît uniquement comme composante d'une seule fonction phi2 qu'elle déclenche. Il peut - comme dans l'exemple précédent des orifices du corps - y avoir antagonisme entre les exigences de deux fonctions (phi) et (phi'). Dans ce cas, très fréquemment, un organe intermédiaire du type « clapet », organiquement un sphincter, peut ouvrir ou fermer l'orifice selon les besoins du moment. Comme autre exemple on citera les synchronismes partiels entre les mouvements d'articulations séquentielles.
Cette topologie complexe peut rester uniquement fonctionnelle (c'est-à-dire nerveuse) et ne jamais apparaître structuralement dans son intégralité. Enfin la même fonction universelle peut être prise en charge par des fonctions différentes selon la nature phasique du matériau traité. Ainsi, chez les poissons pulmonés, il y a un appareil respiratoire pour le milieu aquatique (ouïes) et un autre pour l'air (poumon). C'est un genre (au sens du Genos d'Aristote) qui va moduler la même fonction et imposer des bifurcations organiques. Le caractère extrême de la « prétérition » se voit dans les fonctions chimiques ou biochimiques. L'hémoglobine est en un certain sens l'âme de la fonction respiratoire, au centre du cycle formé par les verticales de la figure 8. Quand on parle de la fonction d'un enzyme, il s'agit évidemment d'une fonction catalytique locale intervenant dans des cycles biochimiques considérés comme importants pour le métabolisme. À la limite, on aboutirait à ces fonctions chimiques universelles comme la fonction acide ou basique. Là, il s'agit évidemment de la dissociation H2O-> H + OH de cet élément biologiquement fondamental qu'est l'eau.»