Simualisation* des hormones sexuelles

Les hormones stéroïdes et prostaglandines sont traitées dans un page spéciale.

N.B.
Certaines molécules sont au format de fichier .mol (issues de la base https://www.ebi.ac.uk/chembldb/); on ne voit pas les hydrogènes et la taille des atomes est différente. Choisir un rayon de Van der Waals de 15% (Rendu / Atomes / 15% vanderWaals)


image externe Wikipedia en anglais (http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/13/Steroidogenesis.svg/676px-Steroidogenesis.svg.png)

Les œstrogènes se fixent à l'ADN.

Un récepteur a été cristallisé: récepteur aux œstrogènes (avec deux molécules d'œstradiol) fixé à une région de la molécule d'ADN

Utilisez directement Jmol sur le site PDB.org

Choisissez la molécule à afficher

ATOMES

Taille des atomes
diamètre des liaisons (angströms)


couleur des liaisons

surface en pointillés



PROTÉINES
Squelette artificiel de la molécule en reliant les carbones alpha par une droite
rayon squelette
couleur du squelette
Squelette lissé de la protéine (atomes de carbone alpha et points intermédiaires calculés)
tracé lissé

Rubans (ribbons) et lignes (strands)

Couleur du ruban


Nombre de lignes parallèles

codes couleurs
C
carbone
P
phosphore
H
hydrogène
S
soufre
O
oxygène
N
azote
(attention les hydrogènes ne sont souvent pas représentés)


Afficher ici deux molécules simultanément pour les comparer

*Pour simualiser les molécules l'applet java Jmol (http://jmol.sourceforge.net/) est probablement le moyen le plus accessible sur tous les matériels (pour système Windows, Linux ou OS - tous les formats de fichiers moléculaires sont acceptés). Cette applet est en OPEN SOURCE (c'est à dire non seulement gratuite mais disponible pour que tous puissent améliorer le code et les fonctions du logiciel).
Attention la version 10 complète avec les doc et le source pèse 22,7 Mo... (Pour démarrer lancer jmol.jar). On peut aussi utiliser les mêmes fonctionnalités que l'applet (JmolApplet.jar) dans des pages html en utilisant javascript (bibliothèque jmol.js), ce qui a été fait dans cette page.

Pour se procurer des fichiers de molécules il faut plus ou moins comprendre l'anglais, même si quelques molécules sont disponibles sur le site de l'inrp (http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/model3d/data3d.htm), pas toujours dans un format utilisable sur un Mac (.exe) !!! ou mieux sur le site http://librairiedemolecules.education.fr/ . Le site de référence est http://www.rcsb.org/pdb/ ou une des sites miroir comme http://www.pdb.mdc-berlin.de/pdb/ . Mais il est préférable de se faire sa propre base de données de molécules car les recherches ne sont pas simples. La mienne se trouve dans le répertoire jmol/PDB/ de mon site.

Je recommande le site : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/gutjahr/molec3D/molec3d/accueil.htm