Simualisation* des hormones stéroïdes et des prostaglandines

Les hormones stéroïdes sont des hormones ayant toutes un noyau stéroïde (dérivé du cholestérol). Ce sont :
- les hormones sexuelles (masculines et féminines)
- et les hormones des glandes corticosurrénales (que l'on appelle aussi hormones minéralocorticoïdes et glucocorticoïdes).
On distingue :
+ les hormones à 21 atomes de carbone (progestagènes) : progestérone, cortisol, aldostérone
+ les hormones à 19 atomes de carbone (androgènes) : dehydroépiandrostérone, testostérone, DHT ;
et œstrogènes à 18 carbones (œestradiol, œstrone, œstriol).

 

Les prostaglandines (PG) sont des hormones issues d'un acide gras : l'acide archidonique. On peut donc dire que ce sont des hormones lipidiques. Elles contiennent toutes un noyau à 5 atomes de carbone contenant une partie de la chaîne de l'acide archidonique. Elles tirent leur nom de la prostate où elles ont été trouvées originellement.

 

N.B.
Certaines molécules sont au format de fichier
.mol (issues de la base
https://www.ebi.ac.uk/chembldb/); on ne voit pas les hydrogènes et la taille des atomes est différente. Choisir un rayon de Van der Waals de 15% (Rendu / Atomes / 15% vanderWaals)

La simualisation n'est pas forcément la bonne méthode pour visualiser les stéroïdes, une vue en plan est suffisante pour appréhender les différences :


image externe Wikipedia en anglais (http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/13/Steroidogenesis.svg/676px-Steroidogenesis.svg.png)


Les œstrogènes se fixent à l'ADN.

Un récepteur a été cristallisé: récepteur aux œstrogènes (avec deux molécules d'œstradiol) fixé à une région de la molécule d'ADN

Utilisez directement Jmol sur le site PDB.org

Choisissez la molécule à afficher

ATOMES

Taille des atomes
diamètre des liaisons (angströms)


couleur des liaisons

surface en pointillés



PROTÉINES
Squelette artificiel de la molécule en reliant les carbones alpha par une droite
rayon squelette

couleur du squelette

Squelette lissé de la protéine (atomes de carbone alpha et points intermédiaires calculés)
tracé lissé


Rubans (ribbons) et lignes (strands)

Couleur du ruban


Nombre de lignes parallèles

codes couleurs
C
carbone
P
phosphore
H
hydrogène
S
soufre
O
oxygène
N
azote
(attention les hydrogènes ne sont souvent pas représentés)



Afficher ici deux molécules simultanément pour les comparer

*Pour simualiser les molécules l'applet java Jmol (http://jmol.sourceforge.net/) est probablement le moyen le plus accessible sur tous les matériels (pour système Windows, Linux ou OS - tous les formats de fichiers moléculaires sont acceptés). Cette applet est en OPEN SOURCE (c'est à dire non seulement gratuite mais disponible pour que tous puissent améliorer le code et les fonctions du logiciel).
Attention la version 10 complète avec les doc et le source pèse 22,7 Mo... (Pour démarrer lancer jmol.jar). On peut aussi utiliser les mêmes fonctionnalités que l'applet (JmolApplet.jar) dans des pages html en utilisant javascript (bibliothèque jmol.js), ce qui a été fait dans cette page.

Pour se procurer des fichiers de molécules il faut plus ou moins comprendre l'anglais, même si quelques molécules sont disponibles sur le site de l'inrp (http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/model3d/data3d.htm), pas toujours dans un format utilisable sur un Mac (.exe) !!! ou mieux sur le site http://librairiedemolecules.education.fr/ . Le site de référence est http://www.rcsb.org/pdb/ ou une des sites miroir comme http://www.pdb.mdc-berlin.de/pdb/ . Mais il est préférable de se faire sa propre base de données de molécules car les recherches ne sont pas simples. La mienne se trouve dans le répertoire jmol/PDB/ de mon site.